Сотрудничество школы №93 с вузами города началось давно. Сначала приглашались преподаватели КемГУ для участия в научных конференциях. Преподаватели заслушивали доклады учеников и выступали сами по интересующим детей темам. Вскоре научные общества начали заниматься самостоятельными исследованиями и на помощь пришли научные руководители из вузов. Работы юные исследователи проводили на кафедрах. Им были открыты двери в лаборатории КузГТУ, КемГУ и КГМА.

Из 51 участника в научно - практической конференции "Шаг в будущее", начиная с 1995 года, 12 победителей получили сертификаты для поступления в КузГТУ без сдачи экзамена по предметам: физика, химия, математика. После открытия углубленных классов школа была включена в структуру центра довузовской подготовки. Были созданы классы по профилям направления вузов: КузГТУ, КемТИППа, КемГАКИ, КГМА.

Преподавание профильных дисциплин осуществляется по программам, согласованным с вузами.

Учащиеся имеют возможность прослушать факультативные курсы по физике, математике, химии, биологии, литературе, русскому языку, экономике, которые проводятся преподавателями вузов. Учащиеся специализированных классов получили право участия в конкурсе при поступлении в вузы с результатами единых выпускных экзаменов. Таким образом только за последние 2 года в вузы, согласно договорам, поступило:

Школа сотрудничает не только с вузами города Кемерово, но и с Новосибирским государственным университетом через заочные школы. Учащиеся школы приглашаются в зимние и летние школы при НГУ. Учащиеся принимают участие в олимпиадах, проводимых НГУ и МГУ, на которых занимают высокие места. По окончании заочной школы выпускники получали льготы при поступлении в эти вузы.